Oğlunun idam mahkûmu olduğunu duyan Zübeyde Hanım hastalandı, hatta kısmi felç geçirdi. İlerleyen günlerde, Atatürk, hasta annesini yanına, Ankara’ya aldırdı. (Haziran 1922). Zübeyde Hanım’ın sağlığı bozulmaya devam edince, bir süre sonra evleneceği Latife Hanım’ın yanına, İzmir’e gönderdi. Anne, müstakbel gelin adayını görmek istemiş, oğul ise İzmir’in havasının annesine iyi geleceğini düşünmüştü. Zübeyde Hanım son günlerini Latife Hanımların Karşıyaka’daki köşklerinde geçirecek ancak oğlunun mürüvvetini göremeden hayata gözlerini kapayacaktı. (15 Ocak 1923).
Zübeyde, vefatından bir yıl kadar önce vasiyette bulunmuştu. “Ben öldükten sonra ruhuma her sene hatim okunsun isterim, bunun için bir miktar para bırakmak isterim” dedi, Darüşşafaka’ya 20 bin kuruş bağışta bulundu. “Her sene Kadir Gecesi’nde bir Darüşşafaka öğrencisinin hatmi şerif icra etmesini, bundan doğacak sevabı başta Hazreti Muhammed ve ailesi olmak üzere, enbiya ve evliyalara, kendi gelmiş geçmiş aile efradının ruhlarına bağışlanmasını” şart koştu. Yanında çalışanları da unutmadı. Vefat ettiğinde, Hayriye hanıma bin kuruş, manevi kızı Ayşe’nin çeyizi için bin kuruş, Mustafa Kemal’in emaneti yetim Abdürrahim’in eğitimi için iki bin kuruş, Vasfiye hanıma iki bin kuruş verilmesini istedi. Bir de hayrat çeşmesi yaptırılmasını istedi. Mustafa Kemal bu vasiyeti öğrendi… Annesine her yıl hatim okuttu. Hatim okuyan hafıza zarf içinde bir miktar para verdi.
Hanım öldüğünde Atatürk Batı Anadolu’yu kapsayan bir yurt gezisindeydi. Annesinin öldüğü gün 15 Ocak’ta Eskişehir’e gelmişti. Gün ağarmak üzereydi. Emir eri Ali Çavuş’u çağırıp “Bir haber var mı?” diye sordu. Ali Çavuş, “Şifre geldi ama çözülemedi” deyince, o derin mavi bakışlarını Ali Çavuş’a çevirip şöyle dedi: “Annemin öldüğünü biliyorum. Bir rüya gördüm. Yeşil tarlalarda annemle dolaşıyordum. Birdenbire bir fırtına çıktı. Anamı alıp götürdü.”
Daha sonra da İzmir’de bulunan Başyaver Salih (Bozok) Bey’e şu telgrafı gönderdi: “Verdiğiniz elim haber beni çok müteessir etti. Merhumenin münasip bir şekilde cenaze törenini yapınız. Cenabı Hak milletimize hayat ve selamet versin”.
Annesinin cenaze törenine katılamadı. Çünkü o sırada, savaştan yeni çıkmış bir milleti yaşatmaya çalışıyordu. Bu amaçla ülkeyi geziyor, halkın sorunlarını bizzat dinliyor, yapacağı devrimler konusunda halkın nabzını yokluyordu. O, kendini milletine adamış bir liderdi. Milletin hayatı, kendi hayatından, annesinden önce geliyordu. Birkaç gün sonra İzmir’deydi. Trenden iner inmez, Karşıyaka’da Osman Paşa Mescidi avlusundaki mezarı ziyaret etti. Büyük bir üzüntü ve heyecan içinde gözleri dolu dolu şunları söyledi:
“… Annem, bu toprağın altında, fakat, milli hakimiyet ilelebet payidar olsun. Beni teselli eden tek kuvvet budur. Milli hakimiyet, ilelebet devam edecektir. Annemin ruhuna ve bütün ataların ruhuna, üzerime almış olduğum vicdan yeminini tekrar edeyim. Annemin mezarı önünde ve Allah’ın huzurunda yemin ediyorum. Bu kadar kan dökerek milletin kazandığı ve elde tuttuğu hakimiyetin korunması, savunması için, gerekirse annemin yanına gitmekte asla kararsız davranmayacağım. Milli hakimiyet uğrunda canımı vermek, benim için vicdan ve namus borcu olsun.”
Atatürk, annesini hep çok sevdi. Çok küçük yaşlarda babasız kalmıştı. Annesi, ona hem annelik hem babalık yapmıştı. Kılıç Ali’nin gözlemi şuydu:
“Annesi Atatürk’ü, Atatürk de annesini; adeta büyük bir aşkla severlerdi. Zübeyde Hanım oğluna karşı adeta derin bir saygı beslerdi. Elini tutup öpmek isterdi. Atatürk de annesine karşı olağanüstü saygılıydı.”
Cevat Abbas Gürer’in aktardığına göre Kurtuluş Savaşı sonrasında, Zübeyde Hanım Ankara’ya geldiğinde bir keresinde oğlunun elini öpmek istedi. Atatürk, “Ne yapıyorsun anne?” diyerek elini çekince Zübeyde Hanım sakin ve ciddi bir tavırla şöyle dedi: “Ben senin ananım, sen benim elimi öpmekle bana karşı olan vazifeni yapıyorsun, fakat sen vatanı, milleti kurtaran bir devlet reisisin. Ben de bu aziz milletin bir ferdiyim ve onun tebaasıyım. Elini öpebilirim.”